南京市食品药品监督管理局于2001年8月，在原市医药管理局和卫生局药政处基础上组建和正式挂牌成立，增加食品安全综合监督等新职能。根据相关规定，江苏省南京食品药品监督管理局由省以下垂直管理机构改为市政府工作部门，并更名为南京市食品药品监督管理局，承担餐饮服务、药品、医疗器械、保健食品和化妆品安全监管的责任。
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